包丁は変色します。
特に鋼の包丁では顕著な変色が起こりやすく、ステンレスの包丁であっても（鋼ほどではないにせよ）変色していきます。
変色は、食材との化学反応です。
食材にはアクが含まれています。
アクの種類は多岐にわたり、植物性食材に植物性食材特有のアクがありますし、動物性食材には動物性食材特有のアクがあります。
調理をする以上、包丁の変色は仕方のないことです。
以下、詳細の説明をします。
包丁の変色原因
包丁の変色は、化学反応です。
包丁（金属）とアクが反応して変色します。
アクの原因物質は多岐にわたり、植物性食材であればポリフェノールやアルカロイドなど、動物性食材であれば脂質やタンパク質などがあります。
- 植物性食材：有機酸、有機酸塩、無機質、ポリフェノール、アルカロイド
- 動物性食材：脂質、タンパク質
調理を続ける以上、変色は避けられません。
また、変色しても人体に害はありませんので（家庭内での使用であれば）変色したままの包丁を使い続けるという選択肢もあります。
とはいっても、変色は除去するのが一般的です。
変色の除去方法
包丁の変色は、クレンザーで落とします。
スポンジとクレンザーでこすります。
包丁の固定には「まな板に包丁の腹を寝かせる」のが一般的であり、まな板の段差を利用して柄（ハンドル）部分による段差をなくすようなイメージです。
クレンザーで落ちない場合は耐水ペーパーを使用します。
基本的にはクレンザーのみで落とせます。
クレンザーで落とせないほどの変色がみられる場合には「錆による浸食」のリスクが生じますので、早めの対処をおすすめします。
鋼の包丁を使用するのであれば、クレンザーは必須アイテムです。
まとめ
包丁は化学反応によって変色します。
基本的には鋼の包丁に生じる問題ではありますが、使い方によってはステンレスの包丁でも起こりえる問題です。
変色は、クレンザーでこすることで簡単に落とせます。
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